(1) پپتیدهای ضد میکروبی حشرات: حشرات بزرگترین گروه ارگانیسم ها را تشکیل می دهند و تعداد پپتیدهای ضد میکروبی آنها بسیار زیاد است. تا به امروز، بیش از 200 نوع پپتید ضد میکروبی حشرات در هشت راسته، از جمله Lepidoptera، Diptera، Coleoptera و Odonata شناسایی شده است. به ویژه، 40 ژن پپتید ضد میکروبی تنها از کرم ابریشم (*Bombyx mori*) جدا شده است.
(2) پپتیدهای ضد میکروبی پستانداران: پپتید ضد میکروبی پستانداران Cecropin P1 برای اولین بار در سال 1989 از روده کوچک خوک جدا شد. در حال حاضر، حداقل 18 نوع از خوک، 30 نوع از گوسفند و 30 نوع از گاو جدا شده است.
(3) پپتیدهای ضد میکروبی دوزیستان: دوزیستان دارای پوست برهنه هستند که عملکردهای متعددی را انجام می دهد. ترشحات پوستی آنها حاوی مجموعه وسیعی از پپتیدهای فعال زیستی با فعالیت های بیولوژیکی متنوع است. بیشتر اینها خاصیت ضد میکروبی دارند. به عنوان یک شکل قدیمی و موثر دفاع طبیعی، آنها به طور کلی به عنوان پپتیدهای ضد میکروبی طبقه بندی می شوند.
(4) پپتیدهای ضد میکروبی از ماهی ها، نرم تنان و سخت پوستان: پارداکسین، یک پپتید 35{2}}آمینه{3}}اسیدی- باقیمانده جدا شده از تنها موسی (*Pardachirus marmoratus*) در سال 1986، اولین ویژگی ضد میکروبی ضدمیکروبی از ماهی پپتید بود. -ساختار مارپیچ با قابلیت نفوذپذیری غشا. این ماده به عنوان یک نوروتوکسین یونی عمل می کند و یک سری از پپتیدهای مشتق شده ایجاد شده است که فعالیت ضد میکروبی قوی تر و فعالیت همولیتیک کمتری نسبت به ملیتین نشان می دهند.
(5) پپتیدهای ضد میکروبی گیاهی: گیاهان همچنین پپتیدهای ضد میکروبی تولید می کنند که ساختاری شبیه به دفنسین های موجود در حشرات و پستانداران دارند. اینها به عنوان دفاع گیاهی شناخته می شوند. بیشتر پپتیدهای ضد میکروبی گیاهی در برابر پاتوژن های گیاهی بسیار فعال هستند، اگرچه برخی از آنها نسبت به باکتری های گرم مثبت و گرم منفی، قارچ ها، مخمرها و سلول های پستانداران نیز سمیت دارند. تیونین ها اولین پپتیدهای ضد میکروبی بودند که از گیاهان جدا شدند.
(6) پپتیدهای ضد میکروبی باکتریایی: همچنین به عنوان باکتریوسین شناخته می شوند، این پپتیدهای کاتیونی و خنثی هستند و توسط هر دو باکتری گرم-مثبت و گرم منفی ترشح می شوند. چهار نوع پپتید ضد میکروبی در باکتری ها شناسایی شده است: باسیتراسین، گرامیسیدین S، پلی میکسین E و نایسین.
